Janusz Bąkowski w dziedzinie sztuki był samoukiem. Z wykształcenia elektryk, przed wybuchem II wojny światowej pracował w zawodzie. W latach 1944-45 był więziony w obozie Mauthausen Guzen II. Po wojnie powrócił do Warszawy, gdzie mieszkał i pracował do końca życia. W latach powojennych podejmował kolejne prace powiązane w bliższy lub dalszy sposób z dziedziną rysunku i grafiki użytkowej. Uczył się także sztuki kamieniarskiej w warszawskiej Pracowni Konserwacji Architektury Monumentalnej. W latach 1958-72 rozpoczął pracę w dziedzinie grafiki projektowej powiązanej z fotografią. W tym okresie rozpoczął także wieloletnią, twórczą współpracę z Jadwigą Przybylak.
Odrębnym nurtem działań Bąkowskiego były nagrania reportażowe i eksperymenty video. Pozostawił ponad 1000 godzin materiałów filmowych, realizowanych we współpracy z Jagodą Przybylak. Rejestrują one życie Nowego Jorku (lata 1988–1989) oraz Warszawy, dokumentują spotkania środowisk artystycznych. Bąkowski jest także autorem filmów eksperymentalnych (min. Subway 1989, Scrabs 2004), w tym również zrealizowanych wspólnie z Jagodą Przybylak (Najkrótsza Historia Krajów Europy Wschodniej/ A Short History of Eastern Europe 1990).
Swoje prace Bąkowski prezentował na wielu wystawach w kraju i zagranicą, >m.in. „Fotografowie Poszukujący” (Galeria Współczesna, Warszawa 1971), wystawa indywidualna „Kwadrat” (Mała Galeria PSP-ZPAF, Warszawa 1977), „La Photographie Polonaise 1900-1981”, (Centre George Pompidou, Paryż 1981), wystawa indywidualna „Subway”, (PAAS Galery, New York 1989), wystawa indywidualna „Niefoto-grafie” (Mała Galeria, Warszawa 1997).
Na przełomie 2005/2006 roku w warszawskim Teatrze Wytwórnia odbyła się pośmiertna wystawa monograficzna Janusz Bąkowskiego prezentująca większą część zachowanych dzieł.
